Karl IX var Gustav Vasas yngste son och han trädde in på den politiska arenan vid arton års ålder då han hjälpte Johan III att störta Erik XIV. Samma år tillträdde han sitt hertigdöme som omfattade Södermanland, Närke, Värmland samt norra Västergötland. Detta hertigdöme som Karl förvaltade mycket skickligt var i praktiken en stat i staten och hans självständiga styre ledde till flera konflikter med kungen och riksrådet. Under Sigismunds regering trappades dessa konflikter upp till den grad att Karl 1597 hetsade de finska bönderna att göra uppror mot dess adel som var lojal till Sigismund (Klubbekriget). Till slut blev brytningen mellan hertig Karl och Sigismund definitiv och den militära uppgörelsen 1598 slutade med Karl som segrare, nu med titeln riksföreståndare. Det skulle dock dröja till 1604 innan hans ställning var stark nog att låta riksdagen utse honom till kung. Dessförinnan hade han sett till att rensa ut sina motståndare, i det beryktade "Linköpings blodbad" 1600 avrättades fyra av rikets ledande män för att de hade stött Sigismund. Men striderna mot Sigismund var inte över med detta utan det följdes av ett krig mot Polen som pågick i Baltikum med varierande framgångar. När Karl IX sedan dog 1611 av ett slaganfall hade Sverige även dragits in i krig mot Danmark och Ryssland.

Karl IX:s kungagärning kan ses som ett typiskt exempel på en machiavellisk furste, han var fullkomligt hänsynslös men samtidigt mycket skicklig. Han var också en lysande talare som med ett färgstarkt språk lyckades vinna stöd från de ofrälse stånden. Karl IX lät även grunda flera städer som till exempel Karlstad och Mariestad.

Karl IX efterträddes av sin sjuttonårige son Gustav II Adolf