En riksdag som samlades januari 1544 i Västerås fattade det historiska beslutet att avskaffa valkungadömet och göra kronan ärftlig för Gustav Vasas ättlingar genom en strikt manlig tronföljd. Detta innebar att Gustav Vasas kungagärning nu var fullbordad, han hade befriat landet från Kristian II:s tyranni, säkrat sin maktställning trots flera uppror, tagit kontrollen över kyrkan genom reformationen, betalt igen skulden till Lübeck och frigjort sig från dess handelsmonopol genom deltagandet i grevefejden. Förvaltningen hade ställts under kungens direkta kontroll. Försvaret hade stärkts genom grundandet av en flotta, slottsbyggnationer och skapandet av en nationell armé. Och i Västerås hade han just försäkrat sig att hans son Erik skulle efterträda honom genom den nya tronföljdsordningen. Det enda som egentligen återstod att göra var att återupprätta Uppsala universitet som hade trätt in i en törnrosasömn under unionstidens sista år. Detta skulle göra det möjligt att för svenskar att slippa resa till Tyskland för att få en högre utbildning och lösa Gustav Vasas problem med att rekrytera dugliga människor till statsförvaltningen. Men tyvärr skulle ett nyöppnat universitet kosta mycket pengar och kungen var därför trots de uppenbara fördelarna inte intresserad av att stärka utbildningsväsendet i Sverige.

Vad som upptog Gustav Vasa intresse var istället hur han skulle bli ihågkommen. Han hade uppnått väldigt mycket under sin tid som kung, men det hade skett med mycket hänsynslösa metoder som var helt i Machiavellis anda. Den brutalitet och oärlighet han stod för var inte helt främmande för 1500-talet, men andra kungar hade visat att man kunde uppnå samma saker utan att behöva ge avkall på sin heder, ett närliggande exempel var den dansk-norske kungen Kristian III. Gustav Vasas livsverk var dessutom inte något exceptionellt utan låg helt i tiden. Reformationen var inte begränsad till Sverige och den genomfördes på många håll av betydligt mer idealistiska skäl än Gustav Vasas. Framväxten av nationalstater var också typiskt för 1500-talet och den hade med största sannolikhet växt fram i Sverige även utan Gustav Vasas insatser. För segern i befrielsekriget var inte den unge Gustav Erikssons förtjänst, dalkarlarna påverkades inte av honom när de fattade sitt beslut att göra uppror och landskapen i Götaland frigjorde sig från Kristian II helt själva utan Gustav Vasas ledarskap. Föga sympatiska sidor av Gustav Vasas personlighet gjorde också att listan på nära medarbetare som gick i landsflykt eller hamnade i fängelse blev groteskt lång, Berend von Melen, Hans Brask, Johannes Magnus, Laurentius Andreae, Olaus Petri, Johan av Hoya, Wulf Gyler, Olof Bröms, Kristoffer Andersson och Conrad von Pyhy. Dessa ägnade också sin tid i landsflykt åt att smutskasta Gustav Vasa.

Det var sålunda av stor vikt för Gustav Vasa att en krönika som visade den "rätta" bilden av honom blev skriven. Valet föll på Peder Swart som dock mest fick bli den som redigerade och skrev rent Gustav Vasas diktamen. Hans krönika har också fått en oerhört stor betydelse för svensk historieskrivning och präglat den traditionella bilden av Gustav Vasa som frihetshjälten, rikshushållaren och landsfadern. Men innan Peder Swart hade blivit utnämnd att skriva kungens krönika hade Gustav Vasa försökt anlita Olaus Petri. Detta vittnar om att kungen hade ett högt förtroende för denne reformators litterära talang eftersom denne hade blivit dömd till döden 1540 för förräderi och hade trots det förblivit en av kungens argaste kritiker efter benådningen. Olaus Petri tackade nej till erbjudandet och skrev istället en egen krönika som dock inte hann bli tryckt innan han dog 1552. När Gustav Vasa fick kännedom om dess kritiska innehåll 1555 beordrade han att alla handskrifter och Olaus Petris personliga arkiv skulle brännas, i samband med detta blev även Olaus Petris vän biskop Botvid Sunesson i Strängnäs fängslad. Gustav Vasas försök att hindra den kritiska skriften från att komma ut lyckades dock inte även om den fördröjdes med 300 år. I Rom året innan hade en annan historiebok blivit utgiven, Historia de omnibus gothorum sveonumque regibus (Historia om göternas och svearnas konungar). Den var skriven av en tidigare medarbetare till kungen, den siste katolske ärkebiskopen Johann Magnus, och även om den inte handlade om Gustav Vasas tid så beskrev den en fiktiv tyrannisk kung vid namn Gostagus.

En sista prövning för Gustav Vasa återstod dock och det var de gränsstrider i Finland som 1555 hade trappats upp till ett fullskaligt krig mot Ryssland. I januari detta år tågade en rysk armé till Viborg, men befästningarna bedömdes vara för starka och de återvände hem efter tre dagar. En ny rysk invasion besegrades den 11 mars, men de svenska styrkarna kunde inte förhindra de återkommande ryska härjningstågen under våren och sommaren. Förstärkningar skeppas över till Finland och kungen själv anlände dit i augusti. Gustav Vasa beordrade att de svenska befälhavarna skulle gå till motoffensiv, vilket också skedde mot den ryska fästningen Nöteborg i september, men utan framgång. En ny rysk invasion i januari 1556 misslyckades med att ta Viborg och den 21 mars slöts ett stillestånd mellan de lokala befälhavarna. Händelseutvecklingen i Baltikum gjorde det angeläget för den ryske tsaren att avveckla kriget i Finland och en formell fred slöts den 2 april 1557.

Under sin vistelse i Finland skrev Gustav Vasa från slottet Kastelholm på Åland den 5 maj 1556 detta minnesvärda brev till slottsskrivaren Peder Månsson i Stockholm:

Vi kan icke nog förundra oss över att Vi platt ingen skrivelse har bekommit från dig sedan Vi senast avreste från Stockholm, eller någon undervisning hur den kostgärd är utgjord över hela riket och sedan översänd till Finland ... Därför veta Vi icke hur det står till med dig, antingen du har kommit i något berg och där blivit fasthållen en lång tid. Eller att några käringar har trollat med dig så att du mist antingen minne, eller själ och förnuft, eller ock att fingrarna äro dig skamferade, item munnen så tillsömmad och händerna sammanbundna att du icke mera tala eller skriva kan.

Men om du uti en sådan skada icke kommen är så vill Vi uppmana dig att du med det allra första skickar oss ett visst och klart register uppå all den fettalie som prästerskapet, borgare och den menige man över hela riket haver utgjort ... Detta ingalunda försummandes såframt Vi icke skola bliva förorsakade att tala dig något annorledes till om samma din oaktsamhet. Det du vet dig efterrätta!

Gustav Vasa var en mycket duglig administratör som höll statsförvaltningen under noggrann uppsikt och hans ställning i den svenska historien som den store "rikshushållaren" kan ingen ta ifrån honom. Men den perifera finska riksdelen hade trots det inte ägnats någon större uppmärksamhet av kungen, och när Gustav Vasa besökte Finland under det ryska kriget var förhållandena så dåliga att han ansåg att stora förändringar var nödvändiga. Gustav Vasa beslutade därför att 1556 ge sin näst äldste son Johan ett ärftlig hertigdöme i Finland med residens i Åbo, förhoppningen var att närvaron av en medlem av kungahuset skulle sörja för en mer effektiv förvaltning. Beslutet att ge de yngre sönerna ärftliga hertigdömen är dock den del av Gustav Vasas kungagärning som har fått mest kritik av historikerna. Detta beror på hertigdömena innebar en kraftig försvagning av centralmakten och blev en källa till inrikespolitisk oro under ett helt halvsekel efter Gustav Vasas död. Om man vill hylla Gustav Vasa för att ha skapat en stark centralstyrd svensk nationalstat så är hertigdömena ett besvärande inslag i dennes livsverk. För de är egentligen helt oförenliga med föreställningen om att Gustav Vasa skapade den starka nationalstaten. Lyckligtvis så skulle vasaättlingarnas uppror, sinnesjukdom och svårigheter att få söner leda till att hertigdömena inte blev långlivade.

Principiellt hade det stått klart att hertigdömen skulle utdelas sedan riksdagen i Västerås 1544. Den geografiska omfattningen av dem och hertigarnas befogenheter blev dock inte fastställda förrän Gustav Vasa skrev sitt testamente 1560. Men deras befogenheterna var beskrivna på ett alltför vagt sätt, vilket skulle leda till en allvarlig konflikt mellan de äldsta sönerna Erik och Johan. Fast vid denna tid hade Gustav Vasa mer närliggande problem, hans egen hälsa. De sista åren av Gustav Vasa liv måste ha varit väldigt smärtsamma för honom eftersom hans överkäke hade under lång tid varit inflammerad och saknade nästan alla tänder, underkäken saknade också många tänder och även i höger mellanöra led han av en kronisk inflammation. Dessutom tycks hans vänstra lårben ha varit inflammerat vilket måste lett till svår värk och gjort honom halt. Kungen som alltid hade varit känd för sitt dåliga humör bör i slutet ha varit mer grinig än någon gång tidigare. Döden kom därför som en befrielse när han svårt sjuk avled den 29 september 1560. Den officiella dödsorsaken var "cholera" men det kan eventuellt ha varit dysenteri eller tyfus, alla dessa sjukdomar orsakas av bakterier som infekterar tarmarna.