När Erik Axelsson (Tott) avsatte Jöns Bengtsson och tog över riksföreståndarämbetet den 14 oktober 1466 hamnade Sverige i ett tillstånd som bäst kan beskrivas som anarki. Erik Axelssons maktställning vilade på innehavet av Stockholm och hans omfattande län i Finland och Södermanland samt de relativt goda relationerna med båda ex-kungarna. Detta var dock inte tillräckligt för att kunna upprätthålla lag och ordning i ett Sverige som återigen blev en krigsskådeplats mellan Karl Knutssons anhängare och släktnätverket Oxenstierna-Vasa. De främsta ledarna på Karl Knutssons sida var den folklige ledaren Nils Sture som med hjälp av bondeuppbåd från Dalarna inledde en belägring av Västerås slott och intog det 28 oktober. I samband med dessa inbördesstrider gjorde även Sten Sture den äldre entré i svensk historia. På ärkebiskop Jöns Bengtsson sida var de främsta ledarna Erik Nilsson (Oxenstierna), Erik Karlsson (Vasa) och Ivar Gren.

Trots äktenskapsallianserna med Karl Knutssons släktnätverk var Erik Axelssons mål oklara, han visade sig inte intresserad av att återinsätta Karl Knutsson som kung trots det folkliga tryck som fanns för att detta skulle ske. Uppviglare bland allmogen beskyllde både Erik Axelsson och Jöns Bengtsson för att vilja ta tillbaka skattetyrannen Kristian. Ett riksmöte i Västerås med representanter från alla landskap norr om Mälaren skickade den 1 november ett brev till Karl Knutsson där de bad honom att återkomma för att ta tillbaka sin rättmätiga tron. Men Karl Knutsson själv var skeptisk till möjligheten att återigen bli kung eftersom han fortfarande mindes hur maktlös han hade varit den förra gången. I ett brev till Nils Sture den 22 april 1467 uttryckte han också sin ovilja att bli kung under de rådande förhållandena och uppmanade därför Nils att inta slotten Örebro, Stegeborg och Stegeholm som fortfarande hölls av ärkebiskopens män.

Anarkin fortsatte under 1467 och i början av året vann Nils Sture en mindre framgång när han överföll och tillfångatog en styrka på 70 man som hade skickats mot Gästrikland. I maj blev sedan Nils Sture besegrad av Erik Nilsson (Oxenstierna) vid Arboga och tvingades retirera till Dalarna medan Erik Nilsson tågade in i Västerås. När Nils Sture återvände med förstärkningar utkämpade han en blodig men oavgjord strid vid Kolbäcksån den 25 juni och han drog sig senare återigen tillbaka till Dalarna. I östra Uppland samlade Ivar Gren ett bondeuppbåd för ärkebiskopens räkning och riksföreståndare Erik Axelsson bådade i sin tur upp bönder i Roslagen för att möta detta hot, men han blev besegrad utanför Uppsala. Bakslaget innebar att Ivar Gren och Erik Nilsson kunde inleda en belägring av Stockholm den 25 juli och inbördeskriget tycktes nu gå mot seger för ärkebiskopens anhängare.

Av stor betydelse var också händelser i Danmark. Riksföreståndaren Erik Axelsson hade hittills inte entydigt valt sida för någon och hade fortfarande förhållandevis goda relationer med unionskungen Kristian. Men detta skulle dock inte förbli fallet eftersom Kristian som var misstänksam mot Erik Axelsson och hans bröders maktställning drog in Åke Axelssons pantlän i norra Halland utan att betala ut någon ersättning. Ivar Axelsson som misstänkte att han var näste man att bli av med län valde under pingsten 1467 att uppsäga sin trohet och lydnad till Kristian, varmed Gotland återigen förvandlades till den sjörövarstat som ön hade varit under Erik av Pommerns tid. I och med att brytningen mellan Kristian och Ivar Axelsson blev fullständig, den sistnämndes län i Skåne och Blekinge angreps av Kristian under sommaren, och det faktum att ärkebiskopens anhängare var framgångsrika i Sverige gjorde att Erik Axelsson i detta läge valde att helhjärtat stödja Karl Knutsson. Kristian å andra sidan valde att stödja Jöns Bengtsson och en dansk flotta skickades iväg för att delta i belägringen av Stockholm.

Nyheten att Jöns Bengtsson hade allierat sig med den hatade kung Kristian, och att hans trupper nu fanns på svensk mark medförde emellertid en förändring av folkstämningen. Allmogens entusiasm för inbördeskriget hade svalnat betydligt efter Nils Stures och Erik Axelssons motgångar under året, men när Kristians såg ut att återigen bli kung skedde en spontan mobilisering av allmogen i Uppland och Södermanland. Jöns Bengtsson begav sig till Uppsala för att lugna ned folket medan Erik Karlsson (Vasa) gick till angrepp mot det bondeuppbåd som samlades i nuvarande Södertälje. Ivar Axelsson landsatte dessutom trupper i Nyköping som tågade mot Örebro, varmed även Erik Nilsson (Oxenstierna) var tvungen att lämna Stockholm för att förhindra att hans slott föll. Erik Nilsson led emellertid ett svårt nederlag och i augusti gick Nils Sture återigen till attack med sina dalkarlar. Den 31 augusti besegrade han Erik Nilsson och Erik Karlsson i ett slag utanför Uppsala. Kort efter gjorde Erik Axelsson ett framgångsrikt utfall mot belägringsarmén i Stockholm natten till den 1 september varefter Jöns Bengtsson tvingades fly på ett danskt skepp, han avled sedan den 15 december på Öland.

Innan dess fullföljde Karl Knutssons anhängare sina segrar och erövrade alla mellansvenska landskap. Den 21 september skickades ett brev till Karl Knutsson i Finland i vilket han erbjöds kungakronan för tredje gången och den 12 november gjorde han sitt högtidliga intåg i Stockholm som rikets rättmätige härskare. Slotten Älvsborg, Axevalla, Borgholm och Kalmar hölls dock fortfarande av män som var lojala till Kristian. Men konflikten med släktnätverket Oxenstierna-Vasa blev i och med förlikningar och Jöns Bengtssons död tillfälligt lagd åt sidan. De följande åren präglades därför av motsättningen mellan Karl Knutsson och Kristian. Året 1468 blev händelsefattigt eftersom det fanns en utbredd krigströtthet i Sverige och pengabrist i Danmark, de egentliga striderna ägde rum på Östersjön där Kristians och Ivar Axelssons sjörövare gjorde havet osäkert för handelsmännen. I början av 1469 belägrade Karl Knutsson Axevalla men tvingades retirera när Kristian invaderade Västergötland. Kristian uppnådde emellertid inte några framgångar utan hans armé utsattes för upprepande bakhåll av allmogen. Ett försök av Ivar Axelsson att genomföra ett plundringståg i Halland hindrades dock i slaget vid Herrljunga den 28 mars. Men danskarna saknade trots det tillräcklig kraft för att förhindra alla svenska motattacker. Både Älvsborg och Axevalla lades under belägring av Karl Knutssons trupper och det sistnämnda slottet föll den 30 juni för att sedan raseras permanent. Älvsborg hade dessförinnan undsatts av danskarna och den intilliggande skansen Gullberg intogs och raserades. I denna stil fortsatte sedan kriget med avtagande intensitet.

Att släktnätverket Oxenstierna-Vasa inte var uträknat trots att Jöns Bengtsson var död demonstrerades tydligt när de under ledning av Erik Karlsson (Vasa) gjorde ett sista försök att avsätta Karl Knutsson. Den 13 oktober tågande denne med sin män in i Vadstena och tillfångatog män som var lojala till kungen. Avsikten var sannolikt att även ta Karl Knutsson tillfånga, men han hade ännu inte anlänt till staden. Erik Karlsson fortsatte sedan till det svagt försvarade Mälardalen där han besegrade Karl Knutssons anhängare flera gångar och rekryterade fler människor till sin här, varav en stor andel tillhörde de så kallade "skogsgångarna" som utgjorde det kriminella elementet i bondesamhället och som passade på att plundra där de drog fram. Fast när Erik Karlsson i början av januari även försökte erövra Dalarna blev han besegrad i grunden av Sten Sture den äldre. Med detta kollapsade upproret mot Karl Knutsson och hans män återtog snabbt kontrollen över Mälardalen. Erik Karlssons slott Stegeholm lades därefter under belägring men med bistånd av en dansk flotta lyckas han även i fortsättningen orsaka oro i Mälardalen och uppvigla bönderna i Östra Uppland i maj.

När Sten Sture den äldre fick befälet över försvarat av Västergötland skulle han återigen visa sin duglighet när en ny dansk invasion slogs tillbaka i februari 1470. Men någon fred var fortfarande inte i sikte och snart var Karl Knutssons tid ute. Hans hälsa försämrades och den 15 maj avled han på Stockholms slott. Innan dess hade han gift sig med sin älskarinna och därmed legitimerat deras gemensamme son Karl. Avsikten med bröllopet var förmodligen att göra det möjligt för sonen att efterträda honom. Denna nyhet togs dock inte väl emot av hans svärson Ivar Axelsson som tidigare hade blivit lovad att bli hans efterträdare  Men kungen hade utsett Sten Sture till testamentsexekutor och han både ogiltigförklarade äktenskapet och hävdade att Karl Knutsson även hade utsett honom som hans politiske efterträdare. Detta svek var något som Sten Sture var tvungen att göra eftersom läget i Sverige var så instabilt att en brytning med Ivar Axelsson inte var önskvärd. Genom att äktenskapet ogiltigförklarades slappt Ivar Axelsson att dela arvet med den lille Karl Karlsson och han accepterade i gengäld att Sten Sture tog över den politiska makten som riksföreståndare. Denne skulle sedan med sin seger i slaget vid Brunkeberg den 10 oktober 1471 avsluta den långa ofreden som varat utan avbrott sedan 1463.

Karl Knutssons liv sammanföll med den mest turbulenta perioden i Sveriges historia och egentligen är hans livsgärning bara en lång rad av uppror och krig. Som kung hade han inte heller någon möjlighet att ägna sig åt mer fredlig verksamhet eftersom han var ansatt av fiender från alla håll. De hänsynslösa metoder som han främst i början av sin karriär använde sig av gör det dessutom svårt att hylla honom som någon nationalhjälte. Men den stora förmildrande omständigheten är att hans fiender var minst lika hänsynslösa som han själv, om inte mer. Under 1460-talet åtnjöt han också en betydande folklig popularitet när alternativen hette Kristian av Oldenburg eller Jöns Bengtsson. Karl Knutssons betydelse för framtiden ligger i att han gav upphov till det släktnätverk som framgångsrikt bekämpade Kalmarunionen och vars medlemmar var riksföreståndarna Sten Sture den äldre, Svante Nilsson, Sten Sture den yngre och Gustav Vasa.