I den traditionella historieskrivningen har Gustav Vasa alltid setts som Sturarnas arvtagare. Den politik för att stärka centralmakten och hävda Sveriges oberoende som riksföreståndarna Sten Sture den äldre, Svante Nilsson och Sten Stures den yngre bedrev skulle Gustav Vasa ha fullföljt och fullbordat genom skapandet av en svensk nationalstat. Verkligheten är dock mer komplicerad eftersom Gustav Vasa redan från början gynnade personer som i det längsta hade stött Kristian II samtidigt som de överlevande Stureanhängarna sköts åt sidan. Till skillnad från Sturarnas populistiska bondevänliga politik valde Gustav Vasa att bygga upp sin maktbas genom allianser med högfrälset som Sturarna hade legat i konflikt med. Den opposition som Gustav Vasa mötte efter befrielsekriget kom också följaktligen från gamla Stureanhängare. Den främste av dessa var Peder Jakobsson (Sunnanväder) som hade varit kansler åt både Svante Nilsson och Sten Sture den yngre och som blev utnämnd till biskop i Västerås 1523, varmed han som ende Stureanhängare ingick i riksrådet. Ett brev som han hade skickat till sina vänner blev dock uppsnappat av kungen och dess innehåll var tydligen så allvarligt att Gustav Vasa beskyllde honom för att vara en förrädare. Ett möte i Västerås avsatte Peder Jakobsson som biskop och samma öde drabbade dessutom hans domprost Knut Mickelsson som hade förargat Gustav Vasa genom att försvara biskopen under mötet.

Det som återstod av själva Stureätten var Sten Stures änka Kristina och deras två söner Nils och Svante som under befrielsekriget hade varit fängslade i Danmark. Efter hemkomsten till Sverige allierade sig Sturarna med Berend von Melen som hade fått Kalmar län som förläning men som efter det misslyckade krigståget på Gotland 1524 hade fallit i onåd hos kungen. Berend von Melen fick sin förläning indragen men vägrade att ge tillbaka den. Istället flydde han till Blekinge som styrdes av kände sjökaptenen Sören Norby som tidigare hade kontrollerat Gotland. I Kalmar slott fanns Nils Sture som Sturepartiet ansåg ha större rätt till tronen Gustav Vasa och även hans moder Kristina som Gustav Vasa hade funderat på att gifta sig med, men som nu påbörjat diskussioner om giftermål med Sören Norby. Tillsammans med Sören Norby skrev Berend von Melen brev där de uppmanade allmogen i Småland att i Nils Stures namn göra uppror mot kungen. Den här farliga alliansen var Gustav Vasa tvungen att krossa så snabbt som möjligt och en här samlades ihop för att inta Kalmar slott, vilket skedde den 20 juli 1525. Enligt Gustav Vasa togs slottet genom stormning, men mer trovärdiga uppgifter säger att besättningen kapitulerade mot löften om fri lejd. Trots löftet skulle Gustav Vasa därefter svekfullt ha avrättat de ca 60 knektarna. Under sommaren 1526 fördrevs sedan Sören Norby från Blekinge av danska trupper varmed Gustav Vasa blev av med ännu ett orosmoment. Kristina blev i sin tur neutraliserad som hot genom giftermålet med Johan Turesson (Tre rosor) 1527, denne var son till Gustav Vasas rikshovmästare Ture Jönsson.

De bittra prelaterna Peder Jakobsson och Knut Mickelsson som hade avskedats av Gustav Vasa i september 1523 begav sig senare till Dalarna där Sturarna av tradition hade kunnat räkna med stöd. På ett sätt som påminde om det Gustav Vasa hade gjort för bara fyra år sedan började de i slutet av 1524 att uppvigla dalkarlarna. De beskyllde Gustav Vasa för att ha tagit Sten Stures änka och barn tillfånga och fördrivit gamla trogna tjänare till riket för att istället ge slott och förläningar till landsförrädare. Missnöje med nya extraskatter och de lutherska idéer som spreds från kungens kansli bidrog också till att skapa oro bland allmogen. Men det "första dalupproret" som det har kommit att kallas tog aldrig någon fart och prelaterna flydde till Norge sommaren 1525. Gustav Vasa själv begav sig till Dalarna med sina knektar i oktober och gav de rädda och ångerfulla dalkarlarna en ordentlig utskällning på tinget vid Stora Tuna. Uppviglarna Peder Jakobsson och Knut Mickelsson lockades tillbaka till Sverige året efter mot löften om fri lejd. Men Gustav Vasa höll inte sitt ord utan fängslade dem och tvingade dem iklädda trasiga korkläder till ett skymfligt intåg i Stockholm sittandes bakbundna och bakvända på utsvultna hästar. Prelaterna blev sedan dömda till döden och avrättades i februari 1527.

Strax efter avrättningarna av de gamla Stureanhängarna bröt nya oroligheter ut i Dalarna. Detta var i princip en repris av det första dalupproret då Stureanhängare återigen utnyttjade missnöjet med skatterna och de lutherska angreppen mot den katolska kyrkan för att uppvigla dalkarlarna mot Gustav Vasa. Men detta uppror bedömdes uppenbarligen som mycket allvarligare av kungen än det förra eftersom han satte igång en intensiv propagandaapparat för att svärta ner dess ledare, den gamle riksföreståndarens fjortonårige son Nils Sture. Gustav Vasa förnekade att upprorsledaren var Nils Sture och kallade honom för Daljunkern, senare hävdade han att Nils Sture var död och att Daljunkern i själva verket var en simpel stalldräng vid namn Jöns Hansson. Historikerna har i de flesta fall accepterat Gustav Vasas version även om påståendet att Daljunkern var identisk med Jöns Hansson är uppenbart felaktigt. Men både oberoende vittnesmål och kungens eget agerande tyder starkt på att Daljunkern verkligen var Nils Sture. Det enda som egentligen talar för Gustav Vasas version är ett brev från Nils Stures moder där hon hävdar att hennes son var död, men detta brev kan mycket väl ha skrivits mot hennes vilja. Fast även om Gustav Vasa var oroad av upproret tog inte heller det andra dalupproret, eller Daljunkerns uppror som det också kallas för, någon fart trots en lovande inledning. Daljunkern flydde till Norge, men på grund av ett falskt rykte om kungens död gjorde han senare åter ett misslyckat infall i Sverige. I februari 1528 återvände den i allra högsta grad levande Gustav Vasa och hans knektar till Dalarna. Kungens räfst blev denna gång hårdare och de ledande upprorsmännen greps vid tinget och avrättades på fläcken. Daljunkern själv begav sig via Norge till landsflykt i Rostock där han på Gustav Vasas uttryckliga begäran inte utlämnades till Sverige utan blev avrättad av stadens myndigheter.

Ett av motiven till dalupproret var böndernas konservativa motvilja mot reformationen. Denna hade fått sitt slutliga genombrott i Sverige vid riksdagen i Västerås 1527 som pågick samtidigt som "Daljunkern" Nils Sture fortfarande kontrollerade Dalarna. Även om Gustav Vasa hade lyckats med sitt tilltag denna gång var det många bland såväl allmogen som frälset som tyckte att han hade gått för långt. Nästa stora utmaning mot Gustav Vasas styre var mer allvarlig än dalupproren och har kommit att kallas Västgötaherrarnas uppror trots att det egentligen började i nordvästra Småland där en fogde mördades av bönderna i april 1529. Ett upprorsmanifest i Jönköpings stads och en rad kringliggande häraders namn skrevs den 5 april och uppmanade östgötarna att göra uppror mot kungen som var den "onde konung Kristians like". Gustav Vasa beskylldes för ett "okristligt regemente" och för att ha infört "lutherskt kätteri" samt ha fördrivit biskopar och munkar. Fyra dagar sedan skickades ett brev med samma innehåll till Västergötland. Resningens tyngdpunkt försköts sedan till Västergötland när det västgötska landstinget tillsammans med biskopen i Skara och sju riksråd den 20 april uppsade sin trohet till kungen. Ytterligare uppmaningar om att ansluta sig till upproret skickades till Värmland och landskapen norr om Mälaren, en av västgötaherrarnas söner hade redan börjat uppvigla bönderna i Gästrikland. Det tycktes som ett uppror som omfattade hela riket höll på att utvecklas och Gustav Vasas dagar som kung verkade vara räknade.

Gustav Vasa insåg dock faran med det nya upproret och satte genast igång med åtgärder som skulle splittra och begränsa resningen. Genom att snabbt börja förhandla med östgötarna fick han dem att förbli trogna mot löften att begränsa reformationen. Östgötabönderna lovade dessutom att medla mellan kungen och västgötabönderna varmed Gustav Vasa snart lyckades förmå även dem att hålla sig lugna. Detta skedde redan den 25 april och Gustav Vasa lovade dem att "alla goda gamla kristliga sedvänjor må stärkas och vid makt hållas och att det lutherska kätteriet och dess onda seder därmed platt nedtryckas". Upproret hade brutit ut och spridit sig mycket snabbt men Gustav Vasa hade varit ännu snabbare med att kväsa det. Det som återstod var bara Västergötlands frälse som visserligen kunde uppbåda hundra ryttare men som omgående tappade modet. Biskopen i Skara och rikshovmästaren Ture Jönsson flydde till Danmark men två andra ledare fångades in och blev avrättade. Löftet att bekämpa det "lutherska kätteriet" ändrades sedan till att omfatta kätteri i största allmänhet och reformationen kunde därmed fortsätta obehindrat.

Det sista dalupproret som även är känt som "klockupproret" bröt ut i mars 1531 efter att Gustav Vasa hade krävt en kyrkklocka från varje socken i skatt. Dalarna vägrade att betala skatten och försökte sprida upproret till andra delar av landet. Men Gustav Vasa var vid det här laget mycket van vid att bekämpa uppror. Med hjälp av eftergifter och rena lögner begränsades upproret till Dalarna vars allmoge började få kalla fötter och bad om förlåtelse för det besvär de hade orsakat. Gustav Vasa nonchalerade först deras böner men när Kristian II vid samma tid landsteg i Norge för att försöka vinna tillbaka sina riken valde Gustav Vasa att försonas med dalkarlarna och gav dem amnesti den 7 november. Kristian II:s återkomst misslyckades och han togs tillfånga av danskarna det följande året. Detta innebar att Gustav Vasa återigen kunde koncentrera sig på Dalarna som han tillsammans med frälseuppbådet i början av 1533 marscherade in i. Trots den utfärdade amnesti och det faktum att ingen av kungens män hade blivit dödad i något av de tre dalupproren blev Gustav Vasas tredje räfst i Dalarna mycket hård med många avrättningar och fängelsedomar som följd. Dalarna skulle aldrig mer göra uppror mot Gustav Vasa.